Ngày 5 tháng 5 năm 2019, tàu nghiên cứu RV Petrel của người đồng sáng lập Microsoft, tỷ phú Paul Allen trong cuộc thám hiểm ở biển Philippines đã phát hiện ra xác của tuần dương hạm hạng nặng Chōkai. Chōkai nằm thẳng đứng ở độ sâu 5,173 m so với mặt nước biển, gần khu vực Rãnh Philippine. Một chiếc tàu lặn tự hành điều khiển từ xa (ROV) đã được thả xuống và khám xét xác tàu vào ngày 30 tháng 5 và phát hiện phần lớn con tàu vẫn còn khá nguyên vẹn, mũi tàu trước tháp pháo số một đã bị gãy ra và nằm cách phần chính của tàu khoảng 300 m, máy phóng thủy phi cơ cũng bị rời ra và một phần sàn đã bị sập xuống. Họ cũng phát hiện ra cả hái máy phóng ngư lôi của Chōkai đều còn nguyên vẹn, góp phần bác bỏ việc khẩu pháo 5-inch duy nhất của White Plains đã bắn nổ một máy phóng ngư lôi và dẫn đến việc Chōkai bị đánh chìm trong trận Samar.[85]

Ngày 30 tháng 10 năm 2019, tàu nghiên cứu RV Petrel đã phát hiện ra một mảnh vỡ được cho là của một con tàu chiến ở độ sâu hơn 6.000 m tại khu vực Rãnh Philippines. Họ phát hiện thêm được hai tháp pháo 5-inch (127 mm) bị phá hủy, một trục quay và một chân vịt, cột buồm, hai mảnh ống khói và vô vàn mảnh vụn khác. Một vết trượt dài trên bùn dẫn vào khu vực sâu hơn trong rãnh, dẫn đến kết luận rằng con tàu có thể đã trượt sâu hơn sau khi va chạm với đáy biển. Tuy nhiên, vì chiếc ROV đã ở giới hạn hoạt động nên không thể tiến sâu thêm.[86] Dựa vào lớp sơn họ thấy trên hai tháp pháo, họ kết luận đây có thể là chiếc Johnston, nhưng chưa được xác nhận hoàn toàn lúc đó.[87][88] Vào ngày 31 tháng 3 năm 2021, tàu nghiên cứu DSV Limiting Factor thuộc công ty Caladan Oceanic đã khảo sát và tìm thấy thành công phần xác chính của chiếc Johnston. Nhờ vào số hiệu 557 in trên phần mũi tàu, họ kết luận rằng đây chính là chiếc Johnston. Con tàu nằm thẳng đứng và được bảo quản khá tốt ở độ sâu hơn 6.400 m so với mặt nước biển. Đây là xác tàu chìm ở vị trí sâu nhất từng được con người phát hiện.[89][90][91]

• Phần mũi tàu và số hiệu 557 của khu trục hạm Johnston.
• Tháp pháo 5-inch (127 mm) số 51 của Johnston.
• Cận cảnh đài chỉ huy cùng hệ thống kiểm soát hỏa lực Mk 37.